Zwierzętarnia przy ulicy Adolfa Pawińskiego 5 funkcjonuje od 1997 roku. Mieści się w wolnostojącym, trzykondygnacyjnym budynku przystosowanym technicznie do hodowli gryzoni laboratoryjnych w warunkach podwyższonego standardu zdrowotnego (klimatyzacja z trzema rodzajami filtrów, autoklawy przelotowe, myjnie automatyczne do klatek i butelek, śluzy z prysznicem dla personelu). Zwierzętarnia zajmuje powierzchnię około 3000 m2. Wyróżniamy tu część hodowlaną i eksperymentalną, zmywalnię oraz magazyny paszy i sprzętów. Środkowa kondygnacja to blok operacyjny, składający się z sześciu wyposażonych sal zabiegowych oraz pomieszczenia dla zwierząt w eksperymencie. Najwyższe piętro zajmowane jest przez hodowlę małych gryzoni: myszy, szczury, suwaki mongolskie. Na parterze mieszczą się laboratoria środowiskowe: Środowiskowe Laboratorium Rezonansu Magnetycznego i Środowiskowe Laboratorium Syntezy Chemicznej oraz Środowiskowe Laboratorium Hodowli Zwierząt Modyfikowanych Genetycznie, działających na potrzeby kooperantów spoza Instytutu. Wszystkie doświadczenia przeprowadzane na terenie zwierzętarni mają zgodę II Warszawskiej Komisji Etycznej, której jurysdykcji Instytut podlega.
